抵押合同无效，登记部门不应予以登记，登记的，相关人可以申请撤销登记。

抵押合同是设立抵押登记的基础，如抵押合同无效，则抵押登记丧失了登记基础，有关当事人在先行民事诉讼认定抵押合同无效后，再向不动产登记机构申请注销抵押权符合法定程序。

【法律依据】

《民法典》第四百零二条，以本法第三百九十五条第一款第一项至第三项规定的财产或者第五项规定的正在建造的建筑物抵押的，应当办理抵押登记。抵押权自登记时设立。

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